Τα αλκαλοειδή αποτελούν ιδιαίτερη κατηγορία οργανικών ενώσεων που απαντούν στη φύση και περιέχουν βασικά άτομα αζώτου. Πρόκειται για αλκαλικές (βασικές) στην πλειονότητα ουσίες, αν και υπάρχουν και αλκαλοειδή τα οποία είναι ουδέτερα ή ελαφρώς όξινα. Τα κύρια δομικά στοιχεία τους είναι άτομα άνθρακα, οξυγόνου και αζώτου, ενώ σπανιότερα περιέχουν θείο, χλώριο, βρώμιο και φωσφόρο.

Τα αλκαλοειδή εντοπίζονται σε φυτά (π.χ. στα μηκωνοειδή), βακτήρια, μύκητες και ζώα και μπορούν να παραληφθούν με όξινη εκχύλιση. Παρουσιάζουν ενδιαφέρον κυρίως λόγω του πλήθους των φαρμακολογικών τους δράσεων όπως η ανθελονοσιακή (κινίνη), αντιασθματική (εφεδρίνη), αγγειοδιασταλτική (βινκαμίνη), αναλγητική (μορφίνη) αντιυπεργυκαιμική (πιπερίνη), αντιβακτηριακή (χελερυθρίνη). Ορισμένα αλκαλοειδή έχουν ψυχοτρόπες (ψιλοκυβίνη) ή διεγερτικές ιδιότητες (κοκαΐνη, καφεΐνη, νικοτίνη, θειοβρωμίνη) και έχουν χρησιμοποιηθεί ως ναρκωτικά ή παραισθησιογόνα. Αρκετά από τα αλκαλοειδή είναι τοξικά (στρυχνίνη, ατροπίνη).

Στην Ιατρική, τα αλκαλοειδή ταξινομούνται ανάλογα με τη φυσιολογική τους δράση σε: δηλητήρια αλκαλοειδή, ναρκωτικά, αναλγητικά, καρδιοτονωτικά, διεγερτικά αναπνευστικού, αγγειοσυσταλτικά, τοπικά αναισθητικά, μυοχαλαρωτικά και ψυχεδελικά.